查干湖有着悠久的历史和灿烂的文明。经考古发现，查干湖边的青山头，早在一万三千余年前的旧石器时代晚期就有古人类居住，一直到距今四、五千年左右的新石器时代，人类仍然在这里繁衍生息。

在辽金时期，查干湖称为大水泊、鸭子泺，辽代从圣宗皇帝一直到天祚皇帝，每年春季都千里迢迢地从京城带领群臣及皇后、嫔妃们到查干湖渔猎，称为“春捺钵”，届时会见部落首领，举行“头鱼宴”和“头鹅宴”。

成吉思汗来到科尔沁草原征服金国的时候，在大水泊（查干湖）边焚香祭拜，从此查干湖就被传扬为“圣湖”，直到现在，查干湖在冬季捕鱼之前，都要举行传统、神奇的祭湖醒网仪式，一方面是对查干湖的敬重，同时求得兴旺发达，获得丰收。