大学毕业后，学生的毕业证书和学位证书会放在学籍档案袋中保存，并让学生自行保管。而学籍档案和党组织关系档案是两个不同的档案，它们通常是分别保存的，不会放在一起。

一般情况下，学籍档案和党组织关系档案都在大学毕业后分别由学校和党组织进行保存。其中，学籍档案包含学生在校期间相关信息和成绩等记录，以及其他与学生学业、就业等相关的材料。而党组织关系档案则包含学生在学校期间加入党组织的申请、考察、培训、发展过程和党的思想、政治等方面的表现等。

需要注意的是，在某些特殊情况下，例如学生加入党组织或担任重要职务时，学籍档案和党组织关系档案可能会有部分内容进行整合，但总的来说，它们是独立保存的。