深中通道公共大巴车收费标准尚未确定，但据2016年深圳商报的报道，未来深中通道规划收费标准为小客车每趟90元，即深中通道往返深中之间一次180元。
深中通道管理中心回应称，深中通道是省市共同运营的非营利性项目，旨在最大限度降低老百姓出行成本，不以盈利为目的。收费期限为15年以内，以还清银行贷款（本金和利息）为标准论证收费方案。
深中通道将会分流大量的车流量，预计可以分流30%以上的流量到虎门大桥以外的路段。
原因是深中通道是可以直接连接深圳和珠海的高速公路，这将会大量减轻虎门大桥的负担，从而缓解虎门大桥的交通拥堵。
进一步延伸，深中通道的建成对于珠三角地区的交通发展将会有重要的意义，通过连接不同城市的高速公路，能够加快当地城市间的交通往来和人员流动，推动经济发展和区域一体化。
深中通道是连接深圳和珠海的高速公路，其建成后将大大缩短前往湛江的时间。以往需要绕行广州，时间约为6-7小时，而利用深中通道可以直接前往湛江，大大缩短时间至2-3小时。因此，利用深中通道去湛江将省下3-4小时的时间，极大地提升了前往湛江的便利性和效率。这对于商务出行和旅游观光都将带来很大的方便，也能够促进湛江地区的经济发展。