流动厕所处理粪便的方式有多种，其中最常见的是通过化学处理和生物处理。
化学处理是将粪便放入一个密闭的化学反应器中，加入一定量的化学药品，进行化学反应。
反应后的物质会转化为无害的化学物质，可以通过排放口排放。
生物处理是将粪便放入一个生物反应器中，通过微生物的代谢作用将粪便分解。
这种方法对环境的污染较小，处理后的物质可以作为有机肥料或生物质燃料使用。
无论是哪种处理方式，都需要注意处理过程中的卫生和安全问题，以避免对环境和人体造成影响。
同时，对于处理后的物质也需要妥善处置，避免对环境造成污染。
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移动厕所所有的粪便都是经过水冲进入防臭S弯流入三格化粪池。具体处理方式分以下几个步骤。
1.厕所蹲便（座便）器里的粪便经过蓄水箱的冲刷首先会进入防臭S弯，在水箱的压力作用下流入3格互通化粪池第1格，S弯继续保留清水，阻止臭味进入厕所卫生间。
2.第一格作用：每天接纳新鲜粪便，厌氧发酵分解分层:上层粪皮中间粪液和底层粪渣，阻留沉淀寄生虫卵，第1格达到一定容量后进入第2格。
3.第二格作用：延续第一池的阻留沉淀寄生虫卵，深度厌氧发酵，游离氨浓度上升，杀菌杀卵，同时粪便也被分解完毕，上层清水准备进入第3格，沉淀物等待第1格的冲刷继续分解以达到完全分解。
4.第三格作用：流入第三池的粪液一般已经腐熟，其中的病菌和虫卵已基本杀灭和除去，可作施肥之用。第三池功能主要起储粪作用。若第三池的粪水不作肥料，可直接排入污水管道；如若留作肥料，可用吸粪车将其吸走，既保护环境又是废物利用，一举两得。