天然菩提手串的主要特征是颜色和质感。正宗的天然菩提手串颜色深沉均匀，质感光滑细腻，触感舒适，没有任何刺激性气味。
如果手串表面有坑洼，或者颜色不均匀，很可能是染色或者用其它材料替代的伪装品，此时建议认真看清商家提供的证明材料，以及手串的成分标识，以免上当受骗。另外，一些地方产的菩提子手串可能会有不同的款式和加工工艺，但都应该符合天然菩提手串的基本特征，消费者购买时可以多加留意。
天然菩提的颜色多种多样，有紫色、绿色、褐色和棕色等。其中，最常见的色彩是紫色。这种色彩来自它特殊的结构，木质部分由褐色漆料包裹而成，可以使得它散发出淡淡的深紫色光泽。此外，它也有一些绿色和棕色的变种，它们看起来更加温和而不显得那么张扬。
鉴别天然菩提手串要看颜色、气味和质地。天然菩提手串颜色应自然，质地应细腻、均匀，木质应清脆，无虫蛀、裂纹等瑕疵。真正的菩提手串还具有淡淡的香气，不会有刺鼻的气味。
还要注意手串的大小、形态等是否符合菩提手串的制作标准，如佛珠的大小和形状应该均匀一致，而菩提子的大小应该略有差别。最后要注意选择正规的商家购买，以防上当受骗。