底砂是必须要清洗的。
最简单快速的方法还是用专门的底砂清洗器。底砂清洗工具依靠的是虹吸原理，而不是用水泵去抽。它分为两部分，一部分是出水管，另一部分则是用来抽底砂的。抽底砂的那一头有些类似可乐瓶的下半身。将抽东西的那头插进底砂中，就形成了一个半真空的环境，水流会不断从底砂缝隙流出，形成水流，进入到出水管。水流会带动地煞缝隙的脏东西，将其带出底砂，从出水管排出，这个过程我们一般称之为“抽底”。
人工去除法：鱼缸中的藻类植物繁殖后，我们可用手工清除，可采用一定的工具除掉附着的藻类，比如玻璃刷、牙刷等，这些工具可快速把玻璃壁或器材上面的藻类除掉，如果水草叶片上有藻类，可直接把叶子直接剪掉。
紫外线杀藻：采用紫外线杀菌灯，在杀灭细菌时也可把藻类与孢子杀掉，如果水中有浮在水面上的藻类，可根据循环杀菌灯清理，使用紫外线灯照射藻类的位置，这种方法也能快速的除掉藻类。