目前酿造微生物酵母菌种类繁多，按照功能可分为酿酒、烘焙、食品、饮料等多个类别，不同的酿造需求需要使用不同的酵母菌。
常见的酿酒酵母有S. cerevisiae、S. bayanus、S. pastorianus等，在啤酒、葡萄酒等酿造中经常使用到；烘焙酵母主要有S. cerevisiae和S. exiguus等；食品酵母有S. cerevisiae、C. milleri、S. pombe等，用于面包、发酵食品等的制造。
此外，还有一些特殊的酿造酵母，如蒸馏酒产生过量的丙酮的问题，因此加入“丙酮酵母”;在酵母菌类别中还有安全性高、耐受力强之类的基因改变高效酵母菌。
目前酿造微生物酵母菌种类繁多，据统计已经有上千种以上。其中常见的酵母菌有以下几种：
1. 面包酵母菌：是最常见的酵母菌，主要用于面包、糕点等食品的发酵。
2. 啤酒酵母菌：是酿制啤酒的必要微生物。分为两类，领酵母和底酵母，领酵母发酵速度快，底酵母发酵时间长。
3. 葡萄酒酵母菌：是酿制葡萄酒的必要微生物。能够在不断变化的环境中保持稳定的品质。
4. 面团酵母菌：属于气泡型酵母，不仅适合于制作面包等食品，还可以用于酿制啤酒、干酪、香肠等。
5. 三明治酵母菌：是制作面包的理想微生物，具有耐高温、高糖、低酸性等特点，还可以用于酿制啤酒、葡萄酒等。
此外，还有安酒酵母、氢化酵母、黑谷酵母、亚嗜酵母等等。随着人们对酿酒、烘焙等食品制作工艺的不断探索和发展，酵母菌的种类也会不断增加。