关于农民住院要门槛费是否合理，存在不同的观点。

一种观点认为，门槛费的设立是合理合法的。根据《卫生部办公厅关于做好新型农村合作医疗试点工作的通知》精神，要求各省设计新型农村合作医疗（以下简称新农合）补助方案时，要坚持以收定支、量入为出、逐步调整、保障适度的原则。因此，自新农合试点开始至今，各地区在设计新农合医疗补偿方案时，实行分医疗机构级别设计起付线，即分为乡镇级、县级、县以上医疗机构。此外，起付线的设立充分考虑到患者合理就医需求、医保基金安全、减轻患者自付费用等方面，起付线设计由低到高，对五保户等特困人群可采取“零”起付，其他情况不得实行“零”起付。

另一种观点认为，农村医疗保险异地报销门槛费合法。农村医疗保险的参保对象是农民，而农民在务工过程中，难免会遇到异地住院的情况。由于异地住院需要办理相关手续，因此门槛费的设立是合理且合法的。

总的来说，门槛费的设立可能存在一定的合理性和合法性。但是，在实际操作中，是否收取门槛费需要根据患者的具体情况和当地的医保政策来判断。如果对相关政策有疑问或需要了解更多信息，建议咨询当地政府部门或专业人士。