莫干山南门和东门是莫干山景区的两个主要入口，它们之间主要有以下区别：

1.位置：莫干山南门位于莫干山的南部，而东门则位于莫干山的东部。

2.交通：南门相对来说交通较为便利，附近有大型的客运站以及火车站，可以方便地乘坐公共交通工具到达。而东门则距离主要交通枢纽较远，交通不如南门方便。

3.资源分布：景区内的资源分布也有一定差异。南门附近的景点主要有树人湖、大文峰等，以及一些高星级的度假酒店。而东门附近有梦幻莫干山主题公园、朵云阁等特色景点，以及一些民宿和农家乐。

4.游客数量：由于南门交通便利，游客数量相对较多，尤其在节假日期间，南门可能会更加拥挤。相比之下，东门的游客数量相对较少，相对安静一些。

选择南门还是东门主要取决于个人的出行方式和偏好。如果追求方便快捷，南门可能是较好选择；如果喜欢安静的自然环境，则东门可能更适合。