胆囊头部和内脏不能吃。
2、去掉内脏爪子尾巴等。
3、从甲鱼的裙边底下沿周边割开，将盖掀起，去除内脏；还有一种方法，是用剪刀或尖刀在甲鱼的腹部切开十字刀口，挖出内脏，用清水洗净。
4、内脏掏净后，洗净，斩掉四爪尖和尾鞘，去掉四脚附着的黄油。诀窍没有别的，就是胆大心细性子刚，下手迅速心不慌。另外，甲鱼体内的黄油腥味异常，一定要除净。
一般来说，水鱼不分公母，吃什么都可以。但是有些特殊情况下需要注意。如果是在繁殖季节，雌性水鱼可能会带着卵子，此时最好不要采食。因为卵子含有大量的脂肪和营养物质，如果被吃下去可能会对消化系统造成负担。
另外，在饲养池中，公鱼可能比母鱼更有攻击性，如果不小心让公鱼攻击到其他鱼，那就不好了。因此，如果只是为了保护被攻击的鱼，可以选择给水鱼喂食母鱼。不过，总的来说，水鱼吃公或母的并没有明显的差别。
头、皮和内脏不能吃。钓甲鱼的钩子十分小，清理甲鱼的时候很有可能忽略了钩子，若食用的时候再不小心，会产生很严重的后果，所以，甲鱼的头部不建议吃。
内脏中多少会带有一些毒素，所以在处理生甲鱼的时候就会挑出。此外，因为甲鱼皮很粗，口感不好，也不能吃。