手机应用自启动关闭掉之后影响在于这个应用后面不可以自动运行，如果碰到需要这个软件在后台运行或者辅助其他软件运行的时候，不能自启动就会影响到系统的使用，还要去启动软件才可以正常运行，这样子就会比较耽误事。

比如微信如果关掉了自启动，那就不能自动接收提示新信息，要点进软件才能收到信息，这样很容易错过信息的。