臭豆腐乳在制作完成后，可以采用以下方法存放：
密封保存：将臭豆腐乳放入干净的玻璃罐中，用保鲜膜将罐口封好，再盖上盖子，放入冰箱冷藏保存。
冷冻保存：将臭豆腐乳放入保鲜袋中，排出袋内空气，封好后放入冰箱冷冻室保存。
腌制保存：将臭豆腐乳放入坛子中，加入适量的盐和花椒，盖上坛盖，密封保存。
油封保存：将臭豆腐乳切成小块，放入干净的玻璃罐中，倒入适量的食用油，油面没过豆腐乳即可，盖上盖子，放入冰箱冷藏保存。
臭豆腐按照工艺可以分为发酵和非发酵两种。
市场上卖的青方腐乳便属于发酵臭豆腐，是在豆腐的基础上发酵而来。
而街头上卖的油炸臭豆腐则属于非发酵臭豆腐。
发酵臭豆腐它的臭味来源于微生物发酵蛋白质，产生的硫化物、吲哚和部分具有臭味的氨基酸和臭卤水，臭豆腐里蛋白质发酵或卤水都会产生臭味适量使用不影响健康。
臭豆腐乳的发酵时间通常在2-3周左右，具体时间会受到温度和湿度的影响。在夏天，由于温度较高，发酵过程可能会加快，而在冬天，由于温度较低，发酵过程可能会减慢。因此，最好的方法是观察豆腐乳的颜色和气味，当它们变成深黄色并且有浓郁的臭味时，就可以食用了。